Trong mùa thu, nhiều nơi của sông Nin được nhuộm đỏ bởi hoa sen. Ở sông Nin Hạ (phía bắc) và sông Nin Thượng (phía nam) thực vật rất phong phú. Ở sông Nin Thượng có sen Ai Cập trong khi ở phía sông Nin Hạ có cói giấy tuy vậy không còn dồi dào như trước đây và đang trở nên hiếm dần.

Hàng trăm nghìn con chim nước trú đông ở châu thổ sông Nin, trong đó có loài mòng biển nhỏ và nhàn xám tập trung đông đảo nhất thế giới. Các loài chim khác sinh sống ở châu thổ sông Nin phải kể đến diệc xám, choi choi cổ khoang, cốc, vịt mỏ thìa. Ngoài ra còn có diệc bạch và cò quăm.

Các loài động vật khác ở đồng bằng sông Nin là ếch, rùa, rùa cạn, cầy mangut và Nile monitor. Cá sấu sông Nin và hà mã, hai loài động vật phổ biến ở sông Nin xưa kia, không còn được tìm thấy ở đây. Các loài cá ở sông Nin gồm có cá đối đầu dẹt và cá bơn.